在一个帖子上发现的，把整个过程整理了一下，有不少高手应该都已经知道了的，为了方便大家共享，我把它贴出来了，技术性很低，份量很小，是锦上添花的作用，另外，谢谢bluefrank88 朋友的翻译补充。
修改秘密协议需要修改两个文件：playertechs.xml和PlayerTechStoreTemplates.xml
同以前一样，复制到你的mod的data目录里，去掉只读属性。
playertechs.xml关系的是秘密协议的科技附属等级（不是游戏画面中的等级排列）
<PlayerTech
                id="PlayerTech_Allied_PrecisionStrike"
                TechPointsRequired="1">
                <TechDependency>PlayerTech_Allied_AirPower</TechDependency>
                <TechDependency>PlayerTech_Generic_Rank_1</TechDependency>
        </PlayerTech>
上面是盟军的精确打击在playertechs.xml里的内容。

<TechDependency>PlayerTech_Allied_AirPower</TechDependency>表示这个协议解锁的前置协议是PlayerTech_Allied_AirPower空中力量强化。（修改这个可以改变协议之间的附属性）
<TechDependency>PlayerTech_Generic_Rank_2</TechDependency> 这个就是该协议的科技附属等级，PlayerTech_Generic_Rank_2表示其是等级2的协议，要升级一级前置协议(就是盟军的空中强化)后，才能升级。

视觉上的等级变化则要修改PlayerTechStoreTemplates.xml
<PlayerTechStoreTemplate
                id="PlayerTechStore_Allied"
                Faction="Allies">
                <Row>
                        <Button>Purchase_PlayerTech_Allied_AirPower</Button>空中力量强化
                        <Button>Purchase_PlayerTech_Allied_SatelliteSweep</Button>卫星扫描
                        <Button>Purchase_PlayerTech_Allied_HighTechnology</Button>高科技
                </Row>
                <Row>
                        <Button>Purchase_PlayerTech_Allied_PrecisionStrike</Button>精确打击
                        <Button>Purchase_PlayerTech_Allied_ChronoRift_Rank1</Button>超时空裂缝
                        <Button>Purchase_PlayerTech_Allied_ChronoSwap</Button>超时空交换
                </Row>
这是盟军的秘密协议内容的一部分，第一个<Row>到</Row>之间的就是视觉上秘密协议第一层的三个协议，下面的，通理是第二层，交换<Button>。。。。。。</Button>的位置就可以改变其视觉位置。
对了，不要忘了把这两个文件文件include到mod.xml里

以上就是秘密协议的位置和等级附属修改办法，希望对大家作MOD有用。